En l'an 4001, une intelligence artificielle nommée Père règne sur un Japon qui s'étend de l'océan Pacifique jusqu'à l'espace. Après des milliers d'années sans crime, un meurtre est commis et menace l'équilibre du pays. Le mystérieux Rai, le protecteur du peuple, se retrouve alors confronté à la réalité d'un monde transformé et à la perte de sa propre humanité.