Peu après avoir fait la connaissance de la soeur de Mikoto, Tôma apprend qu'il s'agit en réalité d'une des "sisters", des clones de la jeune surdouée fabriqués dans un but bien précis : créer un esper de niveau 6. Mais pour cela, Accelerator, l'étudiant le plus puissant de la Cité Académique, doit éliminer 20 000 d'entre elles en combat singulier !

Horrifié, Tôma décide d'aller trouver Mikoto pour mettre un terme à l'expérience...